La pelle dei gechi come quella di tutti gli altri vertebrati, è composta da epidermide (strato esterno) e derma (strato interno). Le squame  che ricoprono i gechi sono principalmente generate dall'epidermide tuttavia anche il derma partecipa alla loro formazione. Nei gechi la pelle è secca e ricoperta di squame, generalmente allineate in due modi, squame embricate e squame allineate. I gechi presentano in prevalenza una squamatura allineata e liscia, come nei generi Oedura, Rhacodactylus o Ptenopus, in altri generi come Eublepharis, Hemitheconyx o Chondrodactylus questo tipo di squamatura è interrota da alcuni tubercoli, più o meno grandi e numerosi in base alla specie.

Sono invece meno comuni le squame embricate che si possono trovare in generi come Teratoscincus, Teratolepis o Geckolepis. Per quanto le squame possano apparire come strutture singole, sono in realtà collegte direttamente alla pelle senza alcuna interruzione, ma con semplici inspessimenti o piegature cutanee.

In entrambi i casi, la pelle è ciò che protegge i gechi dagli agenti esterni (oggetti accuminati o taglienti) e che consente loro di trattenere liquidi e calore. Non a caso, le specie provenienti da zone fresche e umide presentano una pelle più sottile rispetto a quelle specie provenienti da zone desertiche nelle quali è facile la disidratazione. Anche la livrea delle squame è utile nello sfuggire ai predatori, infatti spesso il colore e il disegno di una specie sono legati all'ambiente da cui provengono. I gechi malgasci del genere Uroplatus presentano una livrea con varie tonalità di bianco, marrone, verde, rosso, giallo e nero con disengi che possono ricordare rami, muschio, licheni e bamboo, la loro pelle è molto sottile, questo perchè abitando le foreste pluviali dove il rischio di disidratazione è minimo. Il genere Teratoscincus è distribuito in zone sabbiose nel meidio-oriente, infatti presenta colorazioni che variano dal nocciola al marrone più o meno chiaro, con pelle spessa atta a sopportare alte temperature. I gechi appartenenti al genere Nephrurus, provenienti dalle zone desertiche dell'Australia, presentano una colorazione comprendente varie tonalità di rosso, marrone, bianco e nero con disegni che ricordano parti di substrato roccioso e/o sabbioso. Questi gechi non hanno tutti lo stesso tipo di pelle, esempio di un'evoluzione basata sul tipo d'ambiente e di abitudini di vita di un determinato gruppo di animali, infatti, è possibile dividere i Nephrurus in 2 gruppi: "pelle liscia e sottile" e "pelle spessa e ruvida". Il gruppo a pelle lisca e sottile (N. deleani, N. laevissimus, N. levis, N. stellatus e N. vertebralis) passano le giornate in tunnel scavati da loro a circa 50cm di profondità, dove trovano fresco e umido. Mentre il gruppo a pelle ruvida e spessa (N. amyae, N. asper, N. sheai e N. wheeleri) abiano zone più superficiali del substrato, spesso in tane occasionali, non scavate da loro. Abbiamo omesso N. milii e N. sphyrurus dall'esempio per le divergenze tassonomiche che li riguardano.

Specie come Hemidactylus platyurus e tutte quelle appartenenti al genere Ptychozoon, per spostarsi da una pianta all'altra o per sfuggira ad un predatore, sono in grado di compiere vere e proprie planate. Per poter compiere questi balzi i gechi sfruttano dei lembi di pelle o membrane planari, che in posizione di riposo sono ripiegati sotto gola e ventre, anche gli arti, le zampe e la coda, presentano estensioni di pelle capaci di direzionare la planata del geco.

Le specie appartenenti ai generi Ailuronyx, Geckolepis e Phelsuma presentano squame evolute in un vero e proprio meccanismo di difesa. Phelsuma e Ailuronyx presentano squame disposte in modo lineare e simili a granuli, questo tipo di squamatura nel caso in cui uno di questi gechi fosse afferrato con forza permette il distacco di lembi di pelle (più o meno grandi) che consente all'animale di divincolarsi dalla presa e fuggire. Un meccanismo molto simile è messo in atto anche dai Geckolepis, anche se in questo caso si tratta di animali con squame embricate molto lisce, simili a quelle di un pesce. In entrambi i casi le squame perse vengono rigenerate anche se la nuova pelle non sarà come l'originale, infatti, le zone con pelle rigenerata si notano proprio per una differente forma e colorazione rispetto alla squamatura originale.

Anche le specie che non hanno evoluto sistemi difensivi cutanei, hanno comunque una pelle molto resistente, ciò gli permette di avere un danno minimo nel caso di lacerazioni, perdendo solo l'epidermide. Questo tipo di ferita non presenta perdita di sangue, se non minima in alcuni casi.

In caso di lacerazioni o usura, la pelle dei gechi necessita della possibilità di rinnovarsi. Anche alcuni processi fisiologici (crescita, deposizione, ecc..) o cambiamenti ambientali possono attivare il processo di rinnovo della pelle.

L'epidermide dei gechi composta di cheratina (la stessa sostanza di cui son composti i capelli degli esseri umani) è divisa in tre strati, lo strato più esterno, lo strato intermedio e lo strato germinativo o basale, nello specifico la struttura di questi livelli è composta come segue:

1. Strato corneo: Si tratta dello strato più esterno, fortemente cheratinizzato
2. Strato intermedio: Composto da cellule germinative in diversi stadi di cheratizzazione
3. Strato germinativo: Composto da cellule staminali che si moltiplicano attivamente. Le cellule si muovono verso gli strati superiori producendo cheratina.Questo processo determina la morte delle cellule,che arrivate in superfice non sono altro che lamelle cornee.

Grazie al processo metabolico dello strato germinativo, i gechi sono in grado di effetturare il cambio della pelle e di rigenerarne punti che presentano ferite.

A differenza di molte specie viventi che durante la vita perdono continuamente piccoli lembi di pelle, i gechi sono soggetti ad un ricambio totale di tutta la pelle. Un geco in fase di ecdisi (o muta) presenta una perdita di pigmentazione, più l'exuvia (vecchia pelle) si avvicina al distacco più il geco apparirà depigmentato, fino a risultare quasi bianco. Una volta che la vecchia pelle avrà completato il distacco dalla nuova, sarà il geco stesso a strapparsela di dosso, strofinandosi contro rami o rocce. Per facilitare la rimozione dell'exuvia i gechi utilizzano bocca, sopratutto in zampe e coda, parti del corpo dove il distacco dei lembi di pelle è più difficoltoso. Spesso la vecchia pelle viene interamente mangiata dai gechi, il motivo di questo comportamento non è ancora chiaro, alcuni studiosi suppongono che nell'exuvia siano presenti nutrienti utili all'animale, altri suppongono sia un metodo per non lasciare tracce della loro presenza a possibili predatori.

pelle di alcune specie di geco.